Den 27. august 1943 lå Niels Juel i Issefjorden. Chefen var Kommandørkaptajn C. Westermann.
Søndag morgen den 29. august 1943 begyndte der at indløbe flere efterhånden alvorligere kodetelegrammer til skibet. Og kl. 4.20 modtog man ordren “Søg svensk territorium” fra en meget svag sender, som den danske flåde havde holdt skjult for tyskerne. Niels Juel afgik fra Holbæk ved daggry.
Vel ude af havnen stod Niels Juel for fuld damp mod Issefjordens udmunding. Planen var at give tyskerne det indtryk, at skibet var på vej til København, for derefter ved fyrskibet Kattegat Syd at ændre kurs mod Kullen og sejle ind i svensk farvand.
På vej op gennem Issefjorden skibet signal fra en bevogtningskutter om, at Orlogskaptajn Pontoppidan fra Søværns-kommandoen ville blive bragt ombord. Samtidig begyndte man at observere tysk aktivitet ved fjordens udmunding. Fra ildlederstationen talte man et større tysk fartøj og to mindre nord for udløbet. Man observerede tillige tyske fly. Chefen besluttede derfor at stoppe skibet og afvente Orlogskaptajnen for at få mere information om situationen og dens udvikling.
Kort tid efter indledte tyskerne det første angreb på Niels Juel. Fly beskød skibet og to bomber blev kastet ca. 30 meter agten for skibet. Chefen anså angrebet som “et skud for boven” og beordrede derfor skibet sydover. De tyske fly beskød igen skibet, men denne gang blev ilden besvaret fra Niels Juels antiluftskytskanoner, og man observerede træffere på et af flyene. Skibet blev herefter angrebet i alt tre gange. Ved angrebene blev fem af Niels Juels besætningsmedlemmer såret
Kl. 9.48 ankom Orlogskaptajn Pontoppidan med en skriftlig ordre fra chefen for Søværnskommandoen. Ordren lød på at man skulle ankre op og afvente nærmere ordre. Der oplystes desuden, at der var udlagt miner ved Issefjordens udløb og at der forefandtes stærke tyske søstridskræfter. Da chefen gennemskuede, at ordren var skrevet under pres fra tyskerne, blev Orlogskaptajnen sat i land og Niels Juel satte dampen op.
Artilleriskibet blev styret vestud i fjorden og 15 knob sat på grund på lavt vand ud for Annebjerggård syd for Nykøbing S. Man lod ankret gå således at Søvænskommandoens ordre var efterfulgt. Da det var chefens hensigt at gøre skibet uanvendeligt, blev urværket til en 50 kg. sprængladning i skibets akselgang, sat i gang. Denne svigtede dog. Herefter blev alt anvendeligt ødelagt eller smidt overbord og søventilerne åbnet.